Когато Судан става независим на 1 януари 1956 г., преобладаващо анимистките и християнските народи, живеещи в южната част на новата държава, нямат регионални символи, докато доминиращите мюсюлмани в северната част на страната и центъра показват знамена с ислямска символика. Преди независимостта британците (управлявали съвместно с египтяните) бяха уредили подходящи местни символи за регионите в Судан, но новото правителство в независим Судан се противопостави на използването на тези символи като противоречащо на насърчаването на националното единство.
Тест за изследване на Африка: факт или измислица? В Кения никога не вали сняг.От самото начало южните суданци се чувстваха дискриминирани от ислямския север. Южняците водели продължителна и кървава гражданска война, за да получат своята независимост, завършила с мирно споразумение през 2005 г., което включвало референдум за независимост на юг. Този референдум беше приет с огромно количество през януари 2011 г., а Южен Судан стана независим на 9 юли. През 90-те години, по време на борбата им със север, южният Судан създаде знаме за независимост, което стана новото национално знаме, издигнато за първи път тъй като Южен Судан стана независим на 9 юли 2011 г.
Този флаг има шест цвята. Черното напомня черното африканско потекло на южния Судан и традиционното наименование на тяхната земя, получено от арабското bilād al-sūdān („земя на черните“). Бялото в знамето е символ на мир и добра воля за всички. Червеното означава кръвта и жертвата на герои и мъченици през вековете. Зеленото символизира земеделието, горите, природното богатство и просперитета, както и напредъка. Синият триъгълник представлява вечната система на река Нил, която тече през сушата и осигурява препитание. Жълтото е символ на надежда и решителност за всички хора.
