Независимостта на Черна гора е призната през 1878 г. и същата година Черна гора приема хоризонталния червено-синьо-бял трицвет на Сърбия (с който има разхлабени връзки) за собствено държавно знаме. Неговите панславянски цветове са вдъхновени от руското знаме. Когато Черна гора придоби флот, върху дизайна се появиха символи на принц (по-късно крал) Никола. След Първата световна война независима Черна гора, заедно с няколко други балкански държави, станаха част от Кралството на сърбите, хърватите и словенците (по-късно преименувано на Югославия) и нямаха собствено знаме. Югославия беше разтворена от силите на Оста през Втората световна война; Черна гора, номинално независима, беше окупирана от Италия и отново полетя в червено-синьо-белия трикольор от юли 1941 г. до ноември 1943 г.
След войната Югославия беше възстановена като федерация и на нейните съставни републики беше позволено да приемат знамена. Черна гора използва своя трицвет, с жълто очертана червена звезда в центъра, от декември 1946 г. до 1993 г. Републиката остава (със Сърбия) в югославската федерация, след като останалите републики се отделят от нея в началото на 90-те; страната беше известна като Сърбия и Черна гора през 2003–06.
На 13 юли 2004 г. Черна гора прие отличителен флаг. Въз основа на старо кралско знаме, новото знаме на Черна гора беше червено оградено с жълто. В центъра му имаше жълт двуглав орел, показващ щит с лъв - династичните ръце на династията Егош, управлявала някога Черна гора. През 2006 г. народният референдум в Черна гора подкрепи отделянето й от федерацията и независимостта беше провъзгласена на 3 юни; знамето от 2004 г. стана национално знаме на Черна гора на този ден.
