
По-рано британска колония, Сейшелските острови стават независими на 29 юни 1976 г. Знамето, издигнато по това време, има редуващи се триъгълници от синьо и червено, разделени с бял диагонален кръст. Може би неслучайно този флаг беше почти същият като този, използван от Australasian United Steam Navigation Company, чиито кораби редовно посещаваха островите в началото на 20-ти век. Знамето не продължи дълго: на 5 юни 1977 г. се проведе революция под ръководството на Народната обединена партия на Сейшелските острови (SPUP). Новото знаме имаше червени върху зелени хоризонтални ивици, разделени от вълнообразна бяла лента, която беше същата като знамето на SPUP, с изключение на пропускането на жълто слънце в центъра.

През 1993 г. натискът от чужди сили доведе до демократизация на правителството. Управляващата партия загуби монопола си при избори, а участието на други партии в правителството доведе до искане за по-малко партийно национално знаме. Парламентът одобри дизайн, включващ цветовете на различни партии във флаг, издигнат на 18 юни 1996 г. Цветовете на знамето са синьо (за небето и морето), жълто (за животворното слънце), червено (за хората и тяхната работа за единство и любов), бяло (за социална справедливост и хармония) и зелено (за земята и природната среда).
