Изглежда, че първият наистина национален флаг на Самоа е приет на 2 октомври 1873 г. На червения фон имаше бял кръст, простиращ се до краищата на знамето, както и бяла звезда в горния ъгъл на подемника. Символиката е неизвестна, но кръстът и звездата може да са съответно за християнството и независимостта. Крал Тамасесе, благоприятстващ германците, посетили района, по-късно модифицира националното знаме, като постави черен кръст върху белия, придавайки немски червено-бяло-черни цветове на Самоа. Това знаме се използва от 1886 до 1889 г., но престава да се използва след смъртта на Тамасесе. Съединените щати и Германия разделят островите през 1900 г. и създават отделни протекторати, където местните знамена не се насърчават.
В началото на 20 век бившата германска територия се администрира от Нова Зеландия. Разработено е местно знаме за тези острови, което отразява флага на Нова Зеландия в неговите червено-бяло-сини цветове, съзвездието Южен кръст и полето и кантона. Въведено на 26 май 1948 г., новото самоанско знаме беше червено с четири бели звезди на син кантон; на 24 февруари 1949 г. е добавена пета звезда. Южният кръст е популярна емблема на знамето в други страни в Южното полукълбо. Използва се например от Австралия, Нова Зеландия и Бразилия. В самоанското знаме се казва, че бялото означава чистота, синьото - свобода, а червеното - смелост. Не е направена промяна в националното знаме, когато страната става независима на 1 януари 1962 г.
