На Деня на Организацията на обединените нации, 24 октомври 1962 г., за първи път е издигнато знаме за доверителната територия на Тихоокеанските острови (TTPI), която под надзора на ООН се администрира от Съединените щати. Цветовете на това знаме, светло синьо и бяло, се основаваха на тези на знамето на ООН. Проектиран от Гонсало Сантос, знамето получи окончателно одобрение през 1965 г. въз основа на гласуване в Националния конгрес на Микронезия.
Шестте бели звезди в знамето на Тръстова територия съответстваха на шестте области на страната - Палау, Маршаловите острови и Северните Мариански острови (всички които по-късно станаха отделни държави), както и Яп, Трук (сега Чуук), и Понапе (сега Понпей). Трите последни островни групи станаха Федерални щати Микронезия през 1979 г., заедно с допълнителния квартал Кусайе (сега Косрае). Новото знаме на Микронезия е проектирано и одобрено от междинен конгрес на 30 ноември 1978 г. Въз основа на дизайна и символиката на знамето, използвано преди от Тръстовата територия, това знаме представя четири петкратни бели звезди за четирите области (щати) , центрирано върху синьо поле за Тихия океан. Един лъч от всяка звезда сочеше встрани от центъра на знамето, сякаш подредени върху въображаем пръстен.Свободната асоциация със Съединените щати беше постигната на 3 ноември 1986 г., а по-късно беше направена малка модификация на знамето: тъмно синьо беше заменено с „синьото на ООН“ на оригиналния флаг на TTPI.
